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新たに香織を仲間に迎え、オルクス大迷宮をあとにしたハジメたちは、次の目的地を目指して果てしなく続くグリューエン大砂漠を突き進んでいた。その道中、多数の凶悪な魔物にハジメたちは襲われてしまうが……。

砂漠に倒れていたビィズから、魔力暴走で人々が倒れているという話を聞いたハジメたち。原因はアンカジ公国にあるオアシスの水の汚染だった。ハジメたちは清涼な水を確保し、倒れた人々に応急処置を行う。そして大迷宮攻略と魔力の暴走を抑える静因石を求め、グリューエン大火山へと向かうのであった。

灼熱のグリューエン大火山の大迷宮で順調に攻略を進めていた一行だったが、上空からいきなり降り注いだ極光にハジメが飲み込まれてしまう。瀕死のハジメを抱えるユエたちにも追撃は止まらない。ハジメたちをも脅かす最強の敵とは――

魔人族フリードの猛攻撃に耐え抜いたハジメから、ティオは静因石の入った宝物庫の指輪を託された。治療にあたる香織と合流するためアンカジ公国へと飛び立つ。一方、噴火する大火山の中に取り残されたハジメは、ここから脱出するための秘策を明らかにし――

グリューエン大火山の神代魔法を手に入れ、無事香織たちとも合流したハジメたち。海人族の町であるエリセンに到着し、ミュウはようやく母親であるレミアとの再会を果たすことができた。ハジメたちはミュウに一時の別れを告げ、次なる神代魔法を手に入れるためにメルジーネ海底遺跡へと向かう。

メルジーネ海底遺跡を攻略中に、他のメンバーと離れ離れになってしまったハジメと香織。自分の力不足やハジメに対する気持ちに自信を喪失していた香織は、これからも一緒に行動するか否かをハジメに問われていた。一方、王都では不穏な気配が動き始めていて――。

メルジーネ海底遺跡を攻略したハジメたちは、ミュウとの別れを惜しみ、次なる目的地へなかなか出発できずにいた。他のメンバーに見守られながら、ハジメは旅立ちをミュウに伝えようとする。一方、王都にいるリリアーナは王宮の人々の異変に気づき――。

愛子は神山の塔に囚われ、フリード率いる魔人族も大きく動き出していた。そして警備が手薄となった王都では、メルドが虚ろな表情を浮かべたホセと裏切った檜山に襲われ、深手を負わされてしまう。忍び寄る謎の影にハジメたちは気づくことができるのか――。

リリアーナから王都で起きている出来事を聞いたハジメは、神山に囚われている愛子のもとへ急ぐ。そこに現れたのは、神の使徒・ノイントであった。リリアーナとともにユエたちが向かった王都では大結界が破られ、魔人族と魔族の大軍が進軍を始めているところだった。

ハジメとノイントの戦いが始まり、彼女から神・エヒトの望みが語られる。人々を駒としか見ていないエヒトは、盤上をかき乱すイレギュラーであるハジメの死を望んでいたのであった。絶大な力を持つ大いなる存在にハジメは抗うことができるのか――？

神山でのノイントとの戦いを終え、大迷宮の攻略を果たしたハジメは、魔人族の侵攻を受ける王都へと向かう。その王都では、すでに恵里の降霊術によって操られた人々にクラスメイト達が包囲されていた。恵里が裏切った真相とは――。

王都での一連の騒動は、光輝を手に入れるために魔人族と手を組んだ恵里の仕業であった。王都に侵攻した魔人族を退けたハジメは、香織を蘇生させるべく神山に向かい――。